I luoghi
Il Wired: È un luogo virtuale, dove migliaia di persone riversano continuamente i propri sentimenti, e quindi pezzi e pezzi di loro stessi, fino ad arrivare al punto di potersi trasferire completamente al suo interno. È una specie di allucinazione collettiva, dove lutente non si rende conto se in quel preciso momento vive nel mondo reale o nel Wired. Può essere avvicinato al nostro web, solo che più avanzato, e pericolosamente più reale. È composto da diversi protocolli che si succedono, fino al Settimo Protocollo, che potrebbe essere limpostazione del Wired con la quale unire finalmente la rete e il mondo reale.
Cyberia: È il locale frequentato da Lain e le sue amiche, ed è luogo di un omicidio plurimo con suicidio. È qui che per la prima volta appare la Lain aggressiva, e dove la Lain timida comincia ad andare per scoprire chi è questultima.
Scuola: Lain frequenta la seconda media, ma a scuola non ha molte amicizie. Questo è comunque il luogo dove incontra Arisu, e dove fa lamara scoperta che la sua esistenza nel mondo reale è inutile. Infatti, nessuno la vede, come se fosse trasparente.
La stanza di Lain: Inizialmente è il luogo dove la piccola e indifesa Lain si rifugia, dove gioca con i suoi peluches e dove si riposa. In seguito diviene una specie di base operativa con decine di computer, migliaia di cavi, e addirittura un sistema di raffreddamento ad azoto liquido. Da qui Lain si collega con il Wired e vi entra, da qui riceve tutte le informazioni che vuole, e da qui scopre molte cose interrogando Dio.
Strada: La strada è un elemento molto pre sente nella storia di S.E. Lain. Qui la protagonista incontra Chisa, che le parla, e sempre qui sente il rumore insistente dei cavi elettrici. Nella strada Lain incontra Dio.